檢疫或監(jiān)測發(fā)現(xiàn)疫情后，疫木除治就成為病害防治的又一個重要環(huán)節(jié)。此時病原線蟲和媒介昆蟲都集中在疫木中，只要徹底干凈殺滅疫木中的天牛和線蟲，病害就可以得到防治。相比之下，檢疫發(fā)現(xiàn)的疫情，除治起來比較容易，因為除治疫木或帶疫制品的難度和數(shù)量都不會太大，而在林間監(jiān)測發(fā)現(xiàn)的疫情，就相對比較復(fù)雜。如果監(jiān)測發(fā)現(xiàn)的疫情面積不大（＜4h㎡），死樹數(shù)量也比較少（＜500株），疫情發(fā)生的林地比較容易到達(dá)，疫木除治就相對比較容易做到干凈徹底，比如2018年天津發(fā)現(xiàn)疫情時僅幾株松樹感染。然而，在過去幾十年里，新發(fā)生松材線蟲病的省、市、縣，大多在確診疫情時，面積已經(jīng)達(dá)到幾百h㎡，甚至上千h㎡，死樹數(shù)量達(dá)到數(shù)千株，甚至上萬株，如果再加上病死樹所在的林地山高坡陡，疫木除治的難度就非常大。病死樹清理徹底的程度決定著第二年病害再度發(fā)生的程度。從理論上講，如果病死樹清理干凈，第二年新發(fā)感染的情況就不會出現(xiàn)，除非存在當(dāng)年感染要越年才死亡的情況。所以說在疫情監(jiān)測這個環(huán)節(jié)，及時發(fā)現(xiàn)確診疫情是非常重要的，它可以容易實(shí)現(xiàn)治早、治小、治了。

2018年以前，我國在疫木除治工作中基本采用2種方式，一是將疫木清理下山，然后采用熏蒸、干燥、碎片、制板處理等除疫處理后再加以利用。當(dāng)疫木數(shù)量較少時，也有下山后直接采用火燒處理。所有這些疫木處理方式本身在技術(shù)上都不難操作，難題是大量疫木下山后，在處理疫木過程中監(jiān)管出現(xiàn)了漏洞，一些實(shí)際未經(jīng)處理的疫木被人為傳播到遠(yuǎn)近不等的地區(qū)，引發(fā)了病害在更多的區(qū)域發(fā)生。第二種方式是疫木不下山，而是在砍除后就地用薄膜或鋼絲網(wǎng)將疫木材料包裹覆蓋，當(dāng)天牛來年羽化后不能飛出來傳病。這種方式在理論上也是可行的，但是在實(shí)踐工作中也是存在疫木在山上時間長，質(zhì)量保證和監(jiān)管到位十分困難，一旦薄膜或鋼絲網(wǎng)被人為破壞，就前功盡棄。

在新發(fā)疫區(qū)進(jìn)行疫木除治過程中，一些地區(qū)還存在著一個非常明顯的誤區(qū)，就是采取超強(qiáng)度大面積皆伐的方式進(jìn)行疫木除治，其目的是希望能盡快拔除疫點(diǎn)。有的發(fā)生面積只有幾十h㎡（其中可能只有少量病死樹），除治過程皆伐了60h㎡（死樹活樹全部砍），個別甚至皆伐上千h㎡。這樣處理的結(jié)果往往不僅沒有能盡快拔除疫點(diǎn)，大砍伐往往還帶來了病害的大傳播。在我國松材線蟲病發(fā)生的林分中，活松樹一般不會有天牛從其中飛出傳播松材線蟲病，也就是說活松樹一般是不會傳病的，傳病的是染病后死亡的松樹，因此，不主張采取皆伐方式。疫木除治的對象應(yīng)該是病死松樹或瀕死松樹，在皆伐過程中砍伐掉大量的活樹對于病害防治不僅沒有意義，反而大大增加了疫木除治的工作量，大大增加了病害造成的損失，大大增加了疫木監(jiān)管的難度，人為造成了更大量的健康松林資源的損毀，造成了更多疫情的傳播。

在國家林業(yè)和草原局2018年修訂的《松材線蟲病防治技術(shù)方案》中，明確提出了今后疫木除治應(yīng)采取擇伐病死樹和瀕死樹，不能砍伐健康松樹，原則上不得采取皆伐方式。擇伐的病死樹在山上或山下就地盡快粉碎或燒毀，不得采取其他方式進(jìn)行處理后利用。