保護區(qū)內(nèi)分布著5958公頃高山沼澤化草甸濕地，占保護區(qū)總面積的31%，是黑頸鶴等越冬候鳥的重要棲息地之一。保護區(qū)的主要保護對象為黑頸鶴及其生境——亞高山沼澤化草甸濕地生態(tài)系統(tǒng)。

保護區(qū)植物區(qū)系處于中國——喜馬拉雅森林植物亞區(qū)和中國——日本森林植物亞區(qū)的過渡地帶，物種資源豐富，保護物種多，是生物多樣性物種基因庫。保護區(qū)內(nèi)保留了滇東北高原面積最大的原生性植被類型，集自然性、典型性、脆弱性、多樣性于一體。資料顯示，目前保護區(qū)已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的物種有：鳥類15目33科119種，包括12種國家一級重點保護鳥類黑頸鶴、白鶴、東方白鸛、金雕、白肩雕、白尾海雕等以及28種國家二級重點保護鳥類；脊椎動物28目68科253種；兩棲類1目4科6種；爬行類2目3科11種；哺乳動物7目21科63種；昆蟲15目71科223種，包括1個新亞種(碩步甲云南亞種)、1個中國特有種(金緣虎甲)和10個中國新紀錄物種；水生生物566種；管束植物有122科413屬737種；具有極高的科研價值和保護價值。

保護區(qū)是黑頸鶴及斑頭雁、赤麻鴨等眾多候鳥的越冬棲息地。黑頸鶴是我國特有的世界性珍稀鶴類，是世界上15種鶴中被科學界發(fā)現(xiàn)最晚且唯一生活在海拔2500——5000米高原上的鶴類，屬國際瀕危、國家一級保護的野生動物。